La actividad intelectual de Eugenio Espejo se desarrolló en una versatilidad de facetas: como literato y médico, fue periodista, educador, reformador social, económico y pensador político. Sus obras y pensamiento está dirigido por una frustración existencial: ser conocido como "bello espíritu". Repudiado por su extracción social, buscó el reconocimiento a través del ejercicio de las letras; pero éstas, comprendidas al igual que la medicina como una forma de servicio y de compromiso social, lo llevaron al combate por la reforma de la sociedad. Ser "bello espíritu" significó entonces un juego constante entre esconderse y mostrarse, entre usar el anonimato panfletario y firmar sus escritos.
En cuanto a sus ideas políticas, es común decir que Espejo fue el gran precursor de la Independencia del Ecuador; sin embargo, esta idea es controvertida. Por un lado están quienes afirman que vislumbró repúblicas auto determinadas políticamente, defendió la igualdad ante la ley como base del gobierno, profesó un rabioso sentimiento antiespañol y trabó amistad con algunos de los mártires del primer grito libertario: Morales, Quiroga, Salinas, Juan Pío Montufar.
Espejo defensor de la tradición cultural criolla venida de España; un hombre fiel a una monarquía de derecho divino, donde el rey obtenía su poder de las manos de Dios y el trono, por lo tanto, se apoyaba en la religión. Espejo sería así un defensor del absolutismo como forma de gobierno, el pensamiento ilustrado tuvo en el proceso político ecuatoriano de independencia. La asimilación de una nueva forma de situarse en el mundo y de comprenderlo fue un medio de cultivo apto para el ejercicio de la crítica y la inconformidad.
Su pensamiento se calificaba como un "hombre de letras", en la literatura quiteña del siglo XVIII que despierta a su propia identidad. Así, de acuerdo a la tradición renacentista, "ser amante de las letras" se identificaba con "ser amante de la humanidad". La literatura fue para Espejo la manera de encontrarse con la humanidad, lo cual, por otra parte, estaba conectado con el universalismo ilustrado que profesaba.
La producción literaria buscó solucionar los problemas sociales, políticos y económicos de su época, pero a través de una transformación de las costumbres. En cuanto a los hábitos de higiene y asepsia, tanto social como personal, con el fin de evitar el contagio de las viruelas; el intento de cambiar ciertas prácticas médicas inapropiadas e inútiles, y el hecho de que tratase de lograr una reforma para el mejoramiento de las disolutas costumbres religiosas, faltas de disciplina y recato.
En lo que respecta a la comunicación, su tarea fue la promoción de una educación que respondiera efectivamente a los problemas sociales y que no sólo divulgara el saber científico, sino que también formara buenos ciudadanos, contribuyera a la creación de un espacio público para la literatura, permitiera discutir los problemas políticos y sociales y coadyuvara al mejoramiento de Quito. Fue el primero en introducir en el Ecuador la tan decisiva oposición entre "civilización" y "barbarie". En él, el ejercicio de las letras era una manera de practicar lo universal, una forma de compromiso. El hecho literario tiene su sentido en el servicio a la comunidad, en la intención social que en él se delata.
El pensamiento de Espejo en tanto que "hombre de letras" llevó signado dentro de sí un objetivo político preciso: la reforma general de las costumbres de su época. Ello hacía necesario un nuevo discurso de fines tanto combativos como pedagógicos, y a la tarea de forjarlo le dedicó su vida.
